#1

puma 36

in Live strame 20.04.2020 04:10
von Atwood Thomas • 3 Beiträge

ÿþOm de evolutionaire puma 36 relaties tussen mtDNA-lijnen van puma te onderzoeken, werden haplotype-netwerken gebouwd met behulp van de median-join-benadering (Bandelt et al., 1999), zoals geïmplementeerd in de software Network 4.5.1.6 We hebben twee outgroup-opties onderzocht om het netwerk te rooten, één met de hier gegenereerde P. yagouaroundi-sequenties en de andere met M. trumani-sequenties (Barnett et al., 2005).

AMOVA's werden uitgevoerd met Park st berekend uit een paarsgewijze matrix op basis van p-afstanden. Statistische significantie van Park st-waarden werd getest met 10.000 permutaties. Om het effect van eerdere aannames op puma cali sneakers de puma geografische onderverdeling te minimaliseren, hebben we verschillende scenario's getest om te identificeren de best mogelijke manier om de historische populatiestructuur in deze soort weer te geven (dwz puma witte sneaker degene die de geschatte Piao-st maximaliseert). Deze AMOVA's waren gebaseerd op twee monstersets: (1) alleen Zuid-Amerika (SA): en (2) de volledige steekproef van SA, Midden-Amerika (CA) en Noord-Amerika (NA).

Ten slotte hebben we een reeks analyses uitgevoerd om de demografische geschiedenis van poema's te onderzoeken.We hebben neutraliteitstests uitgevoerd (Tajima's D, Fu & Li 'D * en F *, puma vikky stacked Fu's F's) met DnaSP, evenals een analyse van de verkeerde combinatie (Rogers en Harpending, 1992; Schneider and Excoffier, 1999) met Arlequin.

Daarnaast gebruikten we het programma Beast 1.6.1 (Drummond en Rambaut, 2007) om schattingen van coalescentie-tijden en demografie uit het verleden uit te voeren. We definieerden het beste model van nucleotidesubstitutie voor onze dataset, namelijk HKY (Hasegawa et al. , 1985) G-model, gebruikmakend van het Akaike Information Criterion (AIC, Akaike, 1974) geïmplementeerd in puma 44 jModelTest 0.1 (Posada, 2008). Onze eerste set Beast-runs was gericht op het schatten van de moleculaire kloksnelheid voor ons segment in poema-afstammingslijnen.

Extra sequenties van hetzelfde fragment werden verkregen voor twee P. yagouaroundi-individuen.

A) Analyse van de volledige dataset (669 bp) De pijl geeft het punt aan waar de outgroep P. yagouaroundi is verbonden B) Analyse van een subset van de nucleotideplaatsen die overlappen met de Miracinonyx trumani-sequentie (286 bp). geef de punten aan waar de outgroup-taxa zich bij het netwerk aansluiten: P. yagouaroundi (in grijs; 32 mutatiestappen vanaf het verbindingspunt) en M. trumani (in zwart; 19 stappen vanaf het verbindingspunt).

nach oben springen


Besucher
0 Mitglieder und 1 Gast sind Online

Wir begrüßen unser neuestes Mitglied: Chloej00023
Forum Statistiken
Das Forum hat 2899 Themen und 2901 Beiträge.

Xobor Einfach ein eigenes Xobor Forum erstellen